micRNA载体构建流程
micRNA 载体构建流程:
1. micRNA 片段PCR
(1) PCR体系:
5x PrimeSTAR buffer 10.0 µL
2.5 mM dNTPs mixture 4.0 µL Primer1 (10 uM) 1.0 µL Primer2 (10 uM) 1.0 µL PrimeSTAR HS 0.3µL 模板DNA 2µL ddH 2O 31.7µL
程序:
98℃ 1min;
98℃ 10s,55℃ 10min,72℃ 1.0min,30 cycles;
72℃ 10min
1.0%琼脂糖胶检测PCR 结果:上样5ul
注意:PCR 用50µL 体系重复两管,回收时,并成一管纯化。回收完后检测纯化产物OD 值,纯化产物含量最好高于50ng/ul,若产物浓度低,则再多做几份PCR 再回收。
(2) 纯化产物补A
上述纯化后,浓度达到要求的产物可进行补A ,用于后续连接。
补A 体系:
纯化产物: 16.8ul
10x PCR buffer: 2ul
dATP(10mM): 1ul (终浓度2 mM)
rTaq : 0.2 ul
反应条件: 72℃ 15-30min
补A 产物放于-20℃备用。
2. CD3-1250载体酶切
做第一步PCR 的同时,可先做载体酶切,做好准备。
酶切体系:
ddH 2O : 34ul
10X NEB Buffer2: 5ul
Xcm1: 1-1.5ul
CD3-1250质粒: 10-20 ul
酶切重复6管,胶回收时可将2-3管合并为一管回收。
反应条件:37℃ 3-5小时或过夜。
1.0%琼脂糖胶检测酶切是否完全,若酶切完全,可进行后续回收。上样5ul ,检测时140-150V 电压,跑胶15-20min 即可,勿跑太长时间。
回收:制备一块1.0%琼脂糖新胶(大孔),将酶切产物全部上样,140V-150V 跑胶20min 左右。切胶回收大片段载体。
载体片段较大,需用天根胶回收纯化试剂盒回收。
回收完后检测纯化产物OD 值,载体纯化产物含量最好高于50ng/ul,若产物浓度低,则再多做几份酶切再切胶回收。
3. 连接反应:
体系:PCR 补A 产物(约50ng/ul): 1.5ul
CD3-1250载体回收产物(约50ng/ul): 1.5ul
Soltion I(TAKARA): 3ul
条件:16℃ 3-5小时,或过夜连接。
4. 转化DH5α感受态细胞
将上述连接产物全部用于转化,涂布Kan 平板,Kan 终浓度50ug/ml。倒置培养过夜。
5. 重组子鉴定
(1)菌落PCR 鉴定或菌液PCR 鉴定阳性克隆。PCR 鉴定时别忘了加上阳性对照(col 做模板)、阴性对照(不加模板)。鉴定一般用自制TAQ 进行。
(2)挑选3-5个阳性克隆摇菌后提取质粒进行酶切鉴定。提质粒时用天根或生工提质粒试剂盒,集菌两次。质粒用BamH1进行酶切鉴定。
BamH1酶切鉴定体系:
ddH 2O : 7ul
10X BamH1 Buffer: 2ul
BamH1: 0.5ul
重组质粒: 10.5 ul
条件:37℃ 2小时。
1.0%琼脂糖胶检测酶切结果,全部上样或上样10ul 检测,检测时140-150V 电压,跑胶
15-20min 即可,勿跑太长时间。
5. 阳性质粒转农杆菌
鉴定正确的质粒立即转入农杆菌中,保存菌种。
(1)将酶切鉴定正确的质粒,挑选3-5个,各取2ul 质粒混合后,全部转入农杆菌GV3101感受态细胞中,涂布Rif+Gen+Kan平板,28℃倒置培养两天左右。
(2)从平板上挑选两个克隆加入Rif+Gen+Kan的LB 液体培养基中摇菌,菌液摇好后做菌液PCR 鉴定。若菌液PCR 鉴定结果不好,可手工提取农杆菌质粒,用质粒进行PCR 鉴定。PCR 鉴定时别忘了加上阳性对照、阴性对照(不加模板)。鉴定一般用自制TAQ 进行。
(3)鉴定正确的平板,将平板上所有的菌斑用灭菌枪头刮下来,加入Rif+Gen+Kan的LB 液体培养基中摇菌过夜,菌液摇好后,保存甘油菌(500ul 菌液+500ul 50%灭菌甘油),存于-20℃。